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虛擬存儲網絡解決復制和存儲DNA的需求
虛擬存儲網絡解決復制和存儲DNA的需求
更新時間:2008-1-4 10:41:44 。 編輯:映君 )
斯坦福醫(yī)學院斯坦福基因組技術中心(Stanford Genome Technology Center,SGTC)獨立研究員Mostafa Ronaghi是一位有名的生物工藝學專家,他在DNA測序方面獲得了多項專利證書,并且研究出一種名為Pyrosequencing(焦磷酸定序)的技術,利用這種技術方法可以對人類基因組進行測序。然而說到數據存儲,Ronaghi卻不是專家了。
Ronaghi談到他們SGTC研究小組時說:“我們是生物學家,對存儲軟件知之甚少,在遇到有關存儲技術的難題時就變得非常急躁!
所以當Ronaghi在為SGTC小組的DNA Pyrosequencing Machine產生的大量數據文件尋求一種安全的存儲和復制方法時,他向廠商明確表示所選方案必須是易用、易擴展、存儲數據易讀取的。
超高像素圖像(Ultra-hi-res)存儲
對Ronaghi來說,超高像素圖像存儲解決方案應該是將原始容量為60GB到70GB之間的數據進行處理,之后以33MB到160MB左右的容量進行存儲。這些非常珍貴的圖像數據資料需要被妥善地保存并且至少保留一個備份,確保信息信息在設備發(fā)生故障的時候可以安全保存下來,使Ronaghi和他的研究小組可以在與其他科研機構的合作者共享數據資源。
此前SGTC正在使用一種歸檔系統來存儲他數據密集文件和超高像素圖像數據。Ronaghi表示:“但是搜索這些數據是一個令人頭疼的問題。”當他們想要讀取這些數據文件的時候系統速度就變得非常慢。因此Ronaghi也想尋求一種更好的解決方案。
2006年Ronaghi聽說了Parascale,Parascale正在開發(fā)一種可以在x86 Linux和戴爾服務器等常用系統或設備上運行的虛擬存儲網絡(VSN)。Ronaghi與Parascale取得了聯系,因此當VSN上市的時候,Ronaghi成了Parascale的第一個用戶。
Ronaghi在2007年秋季采用了VSN以來就一直對它的表現非常滿意。
Ronaghi表示,VSN的安裝非常簡便,就像使用一般的軟件一樣。他說:“VSN有一個非常不錯的用戶圖形界面,使用非常簡便,所以我們可以檢測出硬件設備上的工作負載情況。我們可以自己制定規(guī)則,至少保留數據三到四份備份。因此,如果我們有兩個磁盤驅動器或者兩臺服務器發(fā)生故障的話,我們完全不必擔心丟失數據!
Ronaghi還對VSN能夠在SGTC小組的戴爾x86服務器上運行感到非常滿意,這意味著他們不必去購買額外的硬件設備或者應用,并且可以在必要的時候進行拓展。目前,SGTC已經可以存儲容量達3TB的數據,但是他們還將在2008年上半年將系統容量拓展到可以存儲10TB的數據。
除了以上提到的可以幫助SGTC將容量拓展到他們所需水平的特點之外,Parascale VSM的另一大特點就是處理速度非?臁onaghi表示:“這對我們來說非常特別,因為有了歸檔系統之后,你可能只需要拓展系統而不必同時拓展帶寬。”他說,有了VSN用戶讀取數據時系統的速度就不會慢下來,為用戶的使用提供了很大的便利。
可擴展的解決方案
Parascale VSN與其它存儲廠商的解決方案的不同之處在于Parascale VSN的可拓展性、可以存儲超高像素圖像等容量較大的文件、以及可以使用x86服務器上的軟件等特點。
Parascale首席執(zhí)行官Bill Evans表示:“我們提供了業(yè)內唯一一套可以在業(yè)內標準硬件上配置文件系統的存儲解決方案。其他一些方案是要求NAS設備或者SAN的,但是所有這些產品都是用戶定制的硬件與軟件融合的解決方案。你可以在任何一款Best Buy(美國家電連鎖巨頭)購買的計算機上運行我們的軟件!
Evans表示:“斯坦;蚪M技術中心面臨的挑戰(zhàn)之一就是容量非常大的超高像素圖像。他們不必采用一種顛覆式的升級方法(比如用存儲容量50TB的NAS或者SAN設備替代原先容量10TB的設備,年年周而復始……),現在他們只要通過網絡就可以大大拓展存儲空間——因為我們提供的是一個網絡方案而不是一個應用方案。所以,如果他們配置了我們提供的三個存儲節(jié)點,他們就可以在每個存儲節(jié)點上增加更多的存儲空間或者增加更多的存儲節(jié)點,這些多不會對目前的配置操作產生任何影響,最大的好處是不必再進行原來那種顛覆式的升級操作了。”這些都將為像SGTC這樣的用戶節(jié)省下大量的成本資金。
談到那些潛在的Parascale用戶,Evans表示:“一旦你需要更多的服務器來管理存儲的時候,我們就是你們的最佳選擇。更確切地說,我們的解決方案適用于那些數據存儲容量至少3TB、使用x86服務器、接受這種存儲拓展方式的企業(yè)用戶!
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